民进党当局再次感到不满。多家台湾媒体报道称，南非政府在电子签证系统中将台湾标注为“中国台湾”。南非“电子旅行授权”系统的注册页面显示，在旅行证件签发地下拉选项中，台湾被列为“Taiwan, China”，联系电话的国际区号“+886”也标注为“Taiwan, China”。
南非ETA系统是该国正式启用电子签证前的先行安排，于去年10月开始分阶段上线。尽管台湾居民目前并不属于该系统的适用对象，即使在网站上完成账号注册也无法通过该系统申请电子旅行授权，但民进党当局仍对此表示强烈抗议。台外事部门宣称南非方面“错误标注”台湾名称，并表示其驻南非机构已向南非政府表达所谓“严正关切与抗议”。有岛内网友讽刺道：“到处只会抗议，实际作为呢？我看‘外交部’也裁撤掉算了！”
自2024年10月以来，南非政府曾两次致函民进党当局，要求其驻南非机构迁离首都比勒陀利亚。在双方沟通期间，南非外交部官网已将相关机构名称改为“台北商务办事处”，并将其地址由比勒陀利亚改列为约翰内斯堡。2025年7月21日，南非政府又通过政府公报发布公告，将台湾方面在南非设置的两个机构分别更名为“驻约翰内斯堡台北商务办事处”和“驻开普敦台北商务办事处”。
中国外交部发言人郭嘉昆曾回应表示，一个中国原则是中国同世界各国建立和发展双边关系的政治基础，是国际关系的基本准则和国际社会的广泛共识。南非政府独立自主采取上述举措，是恪守一个中国原则的积极行动，符合联大第2758号决议的精神，也是中南新时代全方位战略合作伙伴关系的应有之义。中方对此表示赞赏，并愿继续与南非在涉及彼此核心利益问题上坚定相互支持。
